Bártfán a reformáció korán elterjedt, annyira, hogy már 1525 elején királyi rendelet intézkedett az iránt, hogy az a krakkói, de Bártfán született magister, ki először hirdette a városban a reformáció tanait, elfogassék. A város azonban megszakítás nélkül tovább haladt választott útján, jóllehet 1526 tavaszán olyan lett a plébánosa, aki sok akadályt gördített a reformáció ügye elé. Ám azért szülöttei közül már 1530-ban eljutott Wittenbergbe →Stöckel Lénárt s az ezutáni időben lutheránus szellemű prédikátorral törekedtek ellensúlyozni plébánosuk hatását a reformáció hívei. Láng Ézsaiásnak ismételten való kényszerű eltávolítása után emiatt üresen is maradt egy ideig ez állás, de viszont 1539-ből ott működött a →rektori tisztben a Németországból hazakerült Stöckel, ki ezentúl két évtizeden át fő tényezője volt ott a lutherizmus uralomra jutásában s abban a befolyásban, melyet a város messze vidékre gyakorolt. 1541-re határozott prot. irányút nyertek meg plébánosnak a →Radácsi Mihály személyében. A Stöckel alatt hírnévre jutott iskola sokáig megtartotta azt a színvonalat, melyet elért az ő idejében. 1596 körül átmenetileg jezsuitáknak került birtokába az egyik templom. Az egyház ezutáni zavartalan virágzása magával hozta, hogy a főtemplom a német ajkúaknak bocsáttatván kizárólagos rendelkezésére, a szlovákok 1643-ban külön templomot kaptak. 1671-ben mindkettőtől megfosztotta a protestánsokat az üldöző hatalom, mely még magánháznál való vallásgyakorlatukat is csak 1674-ben engedélyezte. 1683-tól megint élvezetében voltak vallásuk szabadságának, de csupán rövid pár évig, mert 1687-ben ismét elvesztették templomukat. A városon kívül ugyan építhettek aztán imaházat, de 1699-ben és 1711-ben még ebben is újra meg újra tilalom alá vetették üldözőik az istentisztelet tartását. 1701-ben a lelkészeket is elkergettette a plébános. És ha 1712-ben engedélyt kaptak is új imaház építésére, lelkészeiktől még azt a jogot is elvették, hogy belépjenek a belváros területére. Midőn 1714-ben ismét el akarták venni imaházukat, végre is sikerült nagy költséggel kieszközölniök városuknak →artikuláris hellyé minősítését, mire 1716-ban új templomot szenteltek fel. 1742-ben engedélyt kaptak lelkészeik arra, hogy betegek és foglyok látogatása végett bejárhassanak a belvárosba, míg végül a →türelmességi rendelet minden ebbeli korlátozást eltörölt. Az 1755-ben renovált templom egy új tágas templomnak a belvárosban 1808-ra való felépítése után a szlovák ajkúaknak adatott kizárólagos használatába, az új pedig az akkor még többségben volt németeké lett. Ezek már 1800-tól kénytelenek voltak egy lelkésszel megelégedni, később pedig egyre inkább beolvadván a szlovákságba, ennek többségbe kerültével s a régi templom használaton kívül helyezésével közös tulajdonná vált az újabb templom, de a külön lelkész tartásához azóta is ragaszkodik mindkét gyülekezet, noha népességük együttvéve sem merítené ki még az egyik lelkésznek sem az erejét.