Moson-győri ev. egyházmegye, az e vidéki egyházaknak a reformációhoz elég korán való csatlakozásával a régi szervezetből átjött →egyházmegyének már 1544-ből említtetik esperese a Mérei Mihály hédervári lelkész személyében, s ez az egyházmegye természetesen tovább is fennállott mint →mosoni vagy →samarjai, de mikor a →csallóköz-mátyusföldi prot. egyházkerület kétfelé szakadt, a lutherizmus mellett itt kitartó gyülekezetek a széjjelválasztás és újraszervezkedés után egy ideig a →Pozsony vármegyei magyar egyházmegyéjükhöz tartoztak. Ám már 1615 júniusában külön egyházmegyét alakítottak a Győr vármegyéből az esztergomi érsekség területére eső gyülekezetek társaságában. Ennek már 1616-ig esperese volt Laskai Bató István pataházai lelkész, aki a →Pálházi Gönc Miklós halála után visszatérvén ebbe az egyházba, tovább folytatta esperesi hivatalát is, sőt esetleg a közbeeső időben is vitte azt, ha az egyházmegye területén lelkészkedett. Mindamellett rövidesen újra beolvadván a Pozsony vármegyei magyar egyházmegyébe, megszűnt az egyházmegye önállósága, annak ellenére, hogy még 1647-ben is csatlakozott ide egypár, addig a →Sopron-Vas vármegyei kerülethez tartozó Moson vármegyei gyülekezet.

Ugyanezzel a névvel a győri egyházmegye is fordul elő néha a →dunántúli egyházkerület 1786-i új szervezkedése és beosztása után, mégpedig azon az alapon, hogy a Moson vármegyei összes egyházak ide tervezett tömörítése nem sikerülvén, a közülük addig is dunántúlihoz tartozó lébényi egyházat ez az egyházmegye foglalta magában. Tekintettel azonban arra, hogy idővel a mosoni egyházmegye szintén visszanyerte teljes önállóságát, felhagytak a zavart előidéző elnevezéssel, melyet különben sem lett volna érdemes fenntartani egyetlen egyház miatt.