Kolozsvárt a protestantizmus a →Heltai Gáspár plébánossága idején az ő reformátori működése következtében kezdett terjedni. A város reformálásának legfontosabb mozzanata az volt, hogy 1556. márc. 15-én mindkét kolostorból kiűzettek a szerzetesek, másnap pedig kihányattak és tűzre rakattak szobraik és képeik. →Kálmáncsehinek a hatása alatt két pártra szakadt a közönség, ám éppen az addig a lutherizmushoz ragaszkodók vezetése mellett 1559-ben végre is a helvét irányhoz tért a tekintélyes számú papság s vele együtt a város jó része. Ugyanazok vitték magukkal a többséget az antitrinitarizmusra is körülbelül egy évtized múltával. Ám az unitarizmus uralmon léte mellett meglehetős számmal voltak hívei a lutheri és helvét iránynak is, annyira, hogy a Báthory István rendeletére kénytelenek voltak az unitáriusokéval majdnem egyenlő fokú iskolát fenntartani a reformátusok részére is, akik különben csak a város kapuin kívül tarthatták istentiszteleteiket. A katolikus Báthoryak alatt betolakodott jezsuiták mindent elkövettek hatalmuk meggyökereztetésére, s a Básta idejében nagyon fenyegetett állapotba is jutott és sok veszteséget szenvedett az unitarizmus, de →Bocskay visszaadatta elvett tulajdonait és helyreállította tekintélyét. Ám más oldalról fenyegette veszély hamarosan, amennyiben Báthory Gábor újraszervezte a ref. egyházat s törvény alapjára fektetve létezését, bőséges, addig részben unitárius tulajdont képező adományaival gyorsan virágzás felé vitte. Az általa 1609-ben ajándékozott, de csak 1612-ben birtokba vett óvári templomon kívül nekik adta →Bethlen Gábor 1622-ben a Farkas utcait is, melyet csak 1639-ben kezdtek használni. Együtt járt mindez azzal, hogy a jó ideig hat lelkészt (a szászok részére is, a lengyelek részére is nem egyet) tartó unitáriusoknak egyre szűkebb körre szorult az egyházi és iskolai élete, bármennyire iparkodtak is szembeszállani a reformátusoknak kedvező új áramlattal. Az eleinte csak egy lelkésztől gondozott ref. egyház egészen rövid időn belül kettőre, pár évtized múltán háromra emelte lelkészeinek számát, sőt minthogy ameddig →Apafi élt, ő fedezte fizetésük jókora részét, úgy látszik, az ő kívánságára 1685-ben negyediket is állított be. Ám az Apafi halála utáni legközelebbi alkalommal, 1693-ban megszűnt ez az állapot, nemcsak, hanem 1704-től 1715-ig még a harmadik lelkészség is betöltetlen volt. Ugyane tájban szüntették meg a szász ref. papi állást, melyet a helybeli szászok egy tetemes részének unitáriusságról reformátusságra való térése után 1628-tól kezdődően tartottak fenn, s valamivel később kényszer hatása alatt az ispotályi papságot is, mely egybe volt a szentpéteri templomival kötve, megszüntették. 1641-től új templomuk épült, mellyel már három lett, sőt legvirágzóbb korszakában, az Apafi idejében negyediket is építtetett az egyház, melynek iskolájában talán már a harmincas évektől, de a negyvenes évektől bizonyosan két tanár működött, sőt 1684-ben harmadik tanárra is szükség lett. Papjai, tanárai csupa kiválóságokból kerültek ki, s a birtokában levő három nyomda szinte ontotta ez időben a teol. műveket.

Az osztrák uralom más irányba törekedett terelni a viszonyokat, s ennek tulajdonítható, hogy a római katolikusoknak templomuk és iskolájuk, s az evangélikusoknak is önálló egyházuk volt már 1695-től, éspedig oly formán, hogy amazok a ref. és unit. egyházaktól vették el épületeiket, melyek pedig ez idő tájban tetemes kárt szenvedtek tűz által is mindketten. E foglalások főként 1716-tól gyakran ismétlődtek néhány évig. Az unitáriusok a másfél század óta bírt főtéri templomot s egyéb épületeiket és minden vagyonukat, a reformátusok pedig szentpéteri templomukat vesztették el az Erzsébet-aggházzal (ispotály) együtt, úgyszintén 1654-ben fölszentelt s külön pappal bíró kolozsmonostori templomukat is. E szomorú változások közt az üldözött egyházak mindent elkövettek súlyos veszteségeik pótlására, ami az unitáriusoknak kevésbé sikerült, mint a reformátusoknak, mivel a főbb közhivatalokból sokáig ki voltak zárva a helybeli evangélikusokkal együtt. Csak a 18. század vége felé nyerték meg egyenjogúságukat, amivel ők is a fejlődés útjára tértek, de 1784-ben megszűnt a csaknem másfélszáz éven át fennállott lengyel egyházuk, híveinek lassankénti elmagyarosodása következményéül. Még 1718-ban megszerzett és részben újjá is épített kollégiumát az unit. egyetemes egyház nagy áldozatokkal tartotta fenn, melléje 1792–96-ban új templomot építettek, melyhez 1869-től két egyenlő rangú lelkészt alkalmaztak. Az ev. egyház is átment 1816-tól 1829-ig épített új templomába az addig imateremül használt helyiségből; két lelkészt és igen jóhírű elemi iskolát tartott fenn, 1941-től két egyházra különválva a magyarság és németség. Legsikeresebben azonban a reformátusok küzdötték meg a létért való harcot. A kollégium állandóan fenntartotta magát magas színvonalán, sőt egyre új tanszékeket – jogit is – szervezett és az 1659-re teljesen felépült, de 1798-ban leégett helyett 1801-ben új iskolahelyiséget vett használatba. Az egyház 1785-ben ismét felállította a negyedik papságot, egy 1691-ben elpusztult régi fatemplom helyébe 1711-ben épített fatemploma helyett 1829-ben új, nagy templom alapkövét tette le, melyet 1851-ben adott át közhasználatnak; majd 1898-ban a harmadikat, 1914-ben a negyediket szenteltette föl.

A kollégiumi teológiai és jogi oktatásnak megszűntével idők folytán csupán főgimnáziummá lett ref. kollégium s az unit. főgimnázium állandóan virágzó, népes intézetek maradtak a legmostohább körülmények között is, mégpedig a hozzájuk csatolt elemi osztályokkal együtt. Elemi iskolát a reformátusok a városnak különböző részein is tartottak fenn: a néhány évtizeddel ezelőtt még perhorreszkált és minden eredmény nélkül javasolt, de immár megvalósult parochialis körök mindegyikében fiúk és leányok részére egyaránt. E körök száma a lelkészek négyes számához igazodott, de az elmúlt évtized elején már a püspökön kívül volt négy. Ezek aztán 1941-ben önálló egyházközségekké alakultak át. A 19. század végén alapított szeretetházon kívül diakonissza-intézetet is ezzel kapcsolatban kórházat is nyitott meg a reformátusság. Itt volt 1895 óta a →teol. akadémiájuk, nemkülönben itt volt állandóan az unitáriusok papnevelő intézete, mely 1846-ban önálló része lett a kollégiumnak, s 1909-ben teol. intézetté, 1915-ben pedig teol. akadémiává szervezkedett és a kollégium többi alkotórészével együtt 1901 óta új épületben töltötte be hivatását.

Irodalom: Szilágyi Ferenc: A kolozsvári ev. ref. eklézsia történetei (1829.), Méhes Sámuel: A kolozsvári ref. kollégyom históriája… (1821.), Schaser János: Das Wiederaufleben der ev.-luth. Kirche zu Klausenburg (Archiv des Vereines… II. k. 1846.). Szász Gerő: A kolozsvári ev. ref. egyház története (1869–70.), Fekete Mihály és Szabó Sámuel: A kolozsvári ev. ref. főtanoda régibb és legújabb története (1876.), Jakab Elek: Kolozsvár története (II.–III. k. 1888.), Török István: Adatok és részletek a kolozsvári ev. ref. kollégium 18. százévi történetéből (Erdélyi Múzeum, 1884.), Uő.: Adatok a kolozsvári ev. ref. egyházközség történetéhez (Prot. Közlöny, 1895.), Uő.: Adatok a kolozsvári ev. ref. egyházközség 17. századi történetéhez (Történelmi Tár, 1896.), Uő.: A kolozsvári ev. ref. kollégium története (3 k. 1905.), Uő.: Adalék a kolozsvári ev. ref. egyház és főtanoda nyomdáinak történetéhez (MKSz, 1882.), Benczédi Gergely: A kolozsvári unit. kollégium vázlatos története (Értesítő, 1901.), Gál Kelemen: A kolozsvári unit. kollégium története (2 k. 1935.), Zoványi Jenő: Ref. iskola Kolozsvárt 1608 előtt és egyik tanáráról valami (Prot. Tanügyi Szle., 1931.), Jászai Károly: Magyar luth. megmozdulások Kolozsvárt 1798–1841. (1937.), Uő.: Adatok a kolozsvári ág. hitv. ev. egyházközség történetéhez (1934.), Uő.: A kolozsvári ág. hitv. ev. egyházközség harangjairól (1943.).